Materials required
- Glycogen (20 μg/μL)
- 7.5 M NH4OAc (ammonium acetate)
- Ice bucket
- Phenol:chloroform:isoamyl alcohol (25:24:1)
- 100% ethanol
- Dry ice or a –80°C freezer
- 70% ethanol
Protocol - Phenol | Chloroform extraction
- Add one volume of phenol:chloroform:isoamyl alcohol (25:24:1) to your sample, and vortex or shakeby hand thoroughly for approximately 20 seconds.
- Centrifuge at room temperature for 5 minutes at 16,000 × g. Carefully remove the upper aqueous phase, and transfer the layer to a fresh tube. Be sure not to carry over any phenol during pipetting.
- Proceed to "Ethanol precipitation", below.
Protocol - Ethanol precipitation
Glycogen (20 μg/μL) | 1 μL |
7.5 M NH4OAc | 0.5 × volume of sample |
100% ethanol | 2.5 × (volume of sample +NH4OAc) |
- Add the following reagents to the aqueous phase, in the listed order in above table
- Place the tube at –20°C overnight to precipitate the DNA from the sample. Note: If you wish to continue with the protocol, place the tube in dry ice or at –80°C for at least 1 hour.
- Centrifuge the sample at 4°C for 30 minutes at 16,000 × g to pellet the cDNA.
- Carefully remove the supernatant without disturbing the cDNA pellet.
- Add 150 μL of 70% ethanol. Centrifuge the sample at 4°C for 2 minutes at 16,000 × g. Carefully remove the supernatant.
- Repeat Step 3 once. Remove as much of the remaining ethanol as possible.
- Dry the cDNA pellet in a Thermo Scientific™ SpeedVac ™ concentrator for 2 minutes or at room temperature for 5–10 minutes.
- Resuspend the cDNA pellet in 300 μL of TEN buffer by pipetting up and down 30–40 times.
- Centrifuge briefly to collect the sample, and place the tube on ice.
LT114
For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.
Phương pháp chiết phenol-clorofom là kỹ thuật chiết lỏng-lỏng sử dụng trong hóa sinh và sinh học phân tử để tinh lọc axit nucleic và loại bỏ những phân tử protein và lipid. Nói chung, những dung dịch mẫu, các tế bào đã ly giải, hoặc mô đồng nhất được trộn lẫn với một thể tích bằng với hỗn hợp phenol:clorofom. Sau khi pha trộn, hỗn hợp này được ly tâm và phân thành hai pha riêng biệt, bởi vì hỗn hợp phenol:clorofom không thể hòa tan trong nước. Pha nước nằm ở phía trên, bởi vì nhẹ hơn pha hữu cơ nằm dưới (phenol:clorofom). Các protein và lipid kị nước sẽ chuyển vào pha hữu cơ phía dưới, trong khi những axit nucleic (cũng như những tạp chất khác như muối, đường, v.v.) còn lại nằm ở pha nước phía trên. Pha nước sẽ được rút đi bằng pipet và phải cẩn thận để tránh pipet hút tới pha hữu cơ hoặc những vật chất tại pha trung gian. Phương pháp này thường được thực hiện nhiều lần để làm tăng độ tinh khiết của DNA cần lấy.
Nếu hỗn hợp có tính axit, DNA sẽ kết tủa vào pha hữu cơ trong khi RNA vẫn còn ở pha nước, vì DNA dễ bị trung hòa hơn RNA.
- Phương pháp chiết axit guanidinium thiocyanat-phenol-clorofom
- Phương pháp kết tủa etanol
- Phương pháp tinh chế axit nucleic xoay cột chiết
Trong quy trình tách chiết DNA bằng SDS, em chỉ sử dụng chloroform cho việc biến tính protein, thay vì phải sử dụng kết hợp với phenol và isoamyl alcohol (vì lab em ko sử dụng 2 loại hóa chất này). Như vậy, liệu có sự khác biệt gì đáng kể ko? xin cảm ơn mọi người
Những hóa chất đó cũng dễ mua mà, đầy ở cửa hàng lẻ
Nếu ko có, tách chloroform cũng được. Mình tách dna chạy pcr, cắt = nuclease... cũng chẳng làm sao cả .
Do pha phenol mấy anh chị nói độc, với lại em cũng chưa pha bao giờ cả. Vậy nếu em sử dụng chloroform ko thôi thì độ tinh sạch của DNA so với sử dụng phenol thì có khác biệt nhiều lắm ko? vì em đang làm để lấy số liệu viết khóa luận tốt nghiệp.
Theo mình thì như thế này, đầu tiên phải nói rõ SDS là chất tẩy mạnh dùng để phá màng tb, ngoài ra người ta còn sử dụng cả sarcosyl. sau đó mang đi li tâm, mình thu được dịch nổi chứa acid nucleic. Phần dịch nổi này còn chứa cả các tạp chất khác nhưng đa số là protein.
Tại sao lại cho hỗn hợp Phenol:chlorofrom. Phenol là chất gây biến tính protein mạnh mà không gây ảnh hưởng đến acid nu, chúng biến các protein từ dạng tan trong dung môi thành dạng tủa, còn chloroform, đây là chất gây biến tính protein nhưng nhẹ hơn. Mục đích chính của chất này là trung hòa lượng phenol dư để tránh bị lây nhiễm tạp chất lên acid nu. Trường hợp của bạn (chắc là tách chiến DNA ở tb gan động vật), bn chỉ sử dụng chloroform thì hiệu quả của quá trình tinh sạch nu là rất kém, sẽ còn lẫn tạp chất rất nhiều. Mình chưa thử làm nhưng theo suy đoán thì chắc OD260nm / OD 280nm của bạn sẽ nằm ngoài khoảng 1.8 đến 2.
Pha chế và sử dụng thêm phenol đi nhé bạn. Hóa chất nào cũng độc cả, tùy thuộc vào tính động và ngưỡng gây độc thôi, bạn thao tác cẩn thận và trong điều kiện ok thì no pờ rốp bờ lầm.
Hic, c?c bạn g? font chữ g? m? m?nh đọc kh?ng được, m?nh đang cần dung dịch phenol để pha hỗn hợp phenol:chloroform:isoamyl alcohol để t?ch chiết DNA, nhưng hiện m?nh chỉ c? phenol tinh thể. M?nh phải pha thế n?o để c? dd phenol d?ng đ?y? Bạn n?o biết chỉ gi?p m?nh với nh?! Tks nhiều lắm.
Font bạn NHUMAI2005 khó đọc quá! Phenol cho vào làm biến tính và kết tủa protein (chắc mất hẳn hoạt tính các protease, nuclease....). Còn chloroform thì làm kết tủa, nhưng ko rõ có làm biến tính các protease hay nuclease hay ko? Phương pháp nổi tiếng sevag dùng loại protein khỏi polysaccharides chỉ dùng chloroform và butanol mà ko dùng phenol. Phenol tinh thể, phải chế biến tương đối mất công mới sử dụng được. Lâu rồi mình cũng quên chi tiết. Chỉ nhớ các điểm sau: - Làm tan chảy phenol tinh thể ở khoảng 60oC
- Dùng TrisHCL pH 8, đổ vào, khuấy từ vài tiếng. Để lắng, loại bỏ supernatant, rồi lại lặp lại... vài lần đến khi pH dịch nổi =8 (cân bằng phenol đến pH8). - Còn có bước bổ sung chất chống ooxxy hóa, làm hỏng phenol (Mình ko nhớ rõ tên chất). - Nếu làm không khéo, thì từ 1 lít dịch phenol, bạn chỉ còn vài chục hoặc 100ml cuối cùng. Chẳng hiểu đi đâu mất! Chế biến phenol thì phải làm trong tủ hút, nếu không thì mùi độc hại vô cùng.
Bạn cứ hỏi bác google.com là có protocol cụ thể.
Trong quy trình tách chiết DNA bằng SDS, em chỉ sử dụng chloroform cho việc biến tính protein, thay vì phải sử dụng kết hợp với phenol và isoamyl alcohol (vì lab em ko sử dụng 2 loại hóa chất này). Như vậy, liệu có sự khác biệt gì đáng kể ko? xin cảm ơn mọi người
P/S: khi đã hiểu kỹ về từng loại hóa chất, ý nghĩa của từng bước tách chiết thì có thể: làm một ngày cũng xong mà làm 1-2 tiếng cũng xong. Tùy cơ ứng biến.
Font bạn NHUMAI2005 khó đọc quá! Phenol cho vào làm biến tính và kết tủa protein (chắc mất hẳn hoạt tính các protease, nuclease....). Còn chloroform thì làm kết tủa, nhưng ko rõ có làm biến tính các protease hay nuclease hay ko? Phương pháp nổi tiếng sevag dùng loại protein khỏi polysaccharides chỉ dùng chloroform và butanol mà ko dùng phenol. Phenol tinh thể, phải chế biến tương đối mất công mới sử dụng được. Lâu rồi mình cũng quên chi tiết. Chỉ nhớ các điểm sau: - Làm tan chảy phenol tinh thể ở khoảng 60oC
- Dùng TrisHCL pH 8, đổ vào, khuấy từ vài tiếng. Để lắng, loại bỏ supernatant, rồi lại lặp lại... vài lần đến khi pH dịch nổi =8 (cân bằng phenol đến pH8). - Còn có bước bổ sung chất chống ooxxy hóa, làm hỏng phenol (Mình ko nhớ rõ tên chất). - Nếu làm không khéo, thì từ 1 lít dịch phenol, bạn chỉ còn vài chục hoặc 100ml cuối cùng. Chẳng hiểu đi đâu mất! Chế biến phenol thì phải làm trong tủ hút, nếu không thì mùi độc hại vô cùng.
Bạn cứ hỏi bác google.com là có protocol cụ thể.
Cảm ơn bạn cfareast đ? trả lời gi?p m?nh nh?! Nhưng m? m?nh đọc kh?ng ddc, kh?ng hiểu sao m? chữ nhảy font t?m lum ?. Bạn đ?nh chữ theo font n?o vậy? để m?nh copy ra word rồi chuyển font đọc. Tks bạn nh?!
Cảm ơn bạn cfareast đ� trả lời gi�p m�nh nh�! Nhưng m� m�nh đọc kh�ng ddc, kh�ng hiểu sao m� chữ nhảy font t�m lum �. Bạn đ�nh chữ theo font n�o vậy? để m�nh copy ra word rồi chuyển font đọc. Tks bạn nh�!
lăn chuột xuống cuối web này, đổi english thành vietnamese xem được không ạ.!
Lăn chuột xuống cuối web n?y, đổi English th?nh Vietnamese xem được kh?ng ạ!
tại sao phenol có khả năng biến tính protein? trong giai đoạn biến tính protein, thì isoamylalcohol được bổ sung với mục đích gì? còn sự khác biệt giữa phương pháp tủa bằng ethanol lạnh và tủa bằng isopropanol và giải thích dùm e sự khác biệt này nữa....... mấy anh chị biết, giải đáp thắc mắt dùng em nha,.... cảm ưn nhìu ,
cho mình hỏi với, làm thế nào để tách ARN ra khỏi hỗn hợp dịch chiết ADN
Có bạn nào biết cách tách DNA từ agarose gel mà không dùng kits hok, có ai từng thử chưa, chỉ mình với. Thân !
Page 2
Aug 28, 2020
Dec 27, 2018
Oct 20, 2017
Page 3
Sep 15, 2015
Dec 19, 2014
Page 4
Nov 11, 2014
Aug 21, 2013
Page 5
Oct 1, 2012
May 10, 2012
Mar 1, 2012
Page 6
Page 7
Jul 2, 2010
Apr 4, 2010
Mar 31, 2010
Nov 23, 2009
Page 8
Nov 17, 2009
Jul 13, 2009
Jun 10, 2009
May 31, 2009
May 19, 2009
Mar 22, 2009
Page 9
Mar 17, 2009
Dec 18, 2008
Nov 4, 2008
Oct 2, 2008
Sep 21, 2008
Sep 21, 2008
Page 10
Aug 10, 2006
Apr 23, 2006
Mar 30, 2006
Mar 26, 2006
Mar 12, 2006
Jul 21, 2005
Page 11
You are using an out of date browser. It may not display this or other websites correctly.
You should upgrade or use an alternative browser.
Feb 22, 2005